การประชุมคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ ๑๙ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๔๔ มีการกำหนดนโนบายการปฏิรูประบบราชการ โดยอนุมัติระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการปฏิรูประบบราชการ เพื่อให้การปฏิรูประบบราชการบรรลุผลได้อย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล สำหรับการดำเนินการของรัฐบาลในการปฏิรูปเพื่อจัดระเบียบบริหารราชการส่วนกลางของรัฐบาลปัจจุบัน ได้มีการทำกรอบแนวคิดทางเศรษฐศาสตร์ คือ ห่วงโซ่แห่งคุณค่า (Value Chain) มาปรับใช้ โดยผสมผสานกับแนวคิดในการบริหารจัดการที่ดี (Good Governance) ซึ่งรัฐบาลได้ประชุมเชิงปฏิบัติการโดยระดมสมองจากนักการเมืองผู้ทรงคุณวุฒิ นักวิชาการและผู้บริหารระดับสูงของทุกกระทรวง พบว่า ภาครัฐในอนาคตจะรับผิดชอบภารกิจหลักรวม ๑๑ กลุ่มภารกิจ โดยมีรายละเอียดที่สำคัญดังนี้

• การปรับบทบาท ภารกิจและโครงสร้างส่วนราชการ หรือที่รัฐบาลประกาศเป็นนโยบาย มีการนำกรอบแนวคิดทฤษฎีและกรณีศึกษาจากต่างประเทศมาปรับใช้ในการวิเคราะห์เพื่อปรับบทบาท ภารกิจ และโครงสร้างของส่วนราชการ โดยมีการระดมสมองจากผู้ที่เกี่ยวข้องรอบด้านและประชุมหารือ โดยมอบหมายให้รองนายกรัฐมนตรีทุกท่านเป็นผู้รับผิดชอบในการควบคุม ดูแล และติดตามความเคลื่อนไหวในกระทรวงที่ตนรับผิดชอบ การปรับบทบาท ภารกิจและโครงสร้างของรัฐบาลในชุดนี้มุ่งลดความซ้ำซ้อนของภารกิจที่แต่ละส่วนราชการปฏิบัติอยู่ ถ่ายโอนภารกิจไปให้ท้องถิ่นมากขึ้น ถ่ายโอนภารกิจ ที่ไม่จำเป็นให้เอกชนเป็นผู้รับผิดชอบแทนภาคราชการ ในขณะเดียวกันก็เพิ่มบทบาทภาครัฐในการเป็นที่ปรึกษาแนะนำการเป็นผู้ตรวจสอบ (Inspector) กำกับติดตามประเมินผลการดำเนินงานของหน่วยงานที่เกี่ยวข้องอย่างเป็นระบบมากขึ้น

• การมุ่งเน้นการปราบปรามทุจริตและประพฤติมิชอบในการปฏิบัติราชการ ซึ่งเมื่อรัฐบาลได้รับความไว้วางใจจากประชาชนให้จัดตั้งรัฐบาลเพื่อบริหารประเทศแล้ว รัฐบาลได้พยายามผลักดันนโยบายการปราบปรามการทุจริตประพฤติมิชอบในวงราชการโดยใช้กลไกของระบบราชการนั่นเอง นอกจากนี้รัฐบาลยังมอบหมายให้สำนักงาน ก.พ. ดำเนินโครงการ “ราชการไทยใสสะอาด” ซึ่งได้วางกรอบแนวทางปฏิบัติแก่ข้าราชการให้ถือปฏิบัติอย่างจริงจัง และมีระบบการตรวจสอบผลสัมฤทธิ์ของโครงการอย่างต่อเนื่องด้วย

• การมุ่งเน้นให้รัฐบาลก้าวสู่การเป็นรัฐบาลอิเล็กทรอนิกส์ (e-Government) สร้างระบบอิเล็กทรอนิกส์ เพื่อให้องค์การภาครัฐ ธุรกิจและชุมชนต่าง ๆ ในประเทศไทย โดยมีเป้าหมายเพื่อปรับปรุงระบบการบริหารราชการและการบริการประชาชนได้อย่างรวดเร็ว ทันเหตุการณ์และมีประสิทธิภาพ

พระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน (ฉบับที่ ๕) พ.ศ. ๒๕๔๕ ได้กำหนดให้การพัฒนาระบบราชการต้องสอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงทางเศรษฐกิจ การเมือง สังคม ความต้องการของประชาชน และทันต่อการการบริหารราชการตามพระราชบัญญัตินี้ ต้องเป็นไปเพื่อประโยชน์สุขของประชาชน เกิดผลสัมฤทธิ์ต่อภารกิจของรัฐ ความมีประสิทธิภาพ ความคุ้มค่าในเชิงภารกิจแห่งรัฐ การลดขั้นตอนการปฏิบัติงาน การลดภารกิจและยุบเลิกหน่วยงานที่ไม่จําเป็น การกระจายภารกิจและทรัพยากรให้แก่ท้องถิ่น การกระจายอํานาจตัดสินใจ การอํานวยความสะดวกและการตอบสนองความต้องการของประชาชน ทั้งนี้ โดยมีผู้รับผิดชอบต่อผลของงานอย่างชัดเจน

การจัดสรรงบประมาณ และการบรรจุและแต่งตั้งบุคคลเข้าดํารงตําแหน่งหรือปฏิบัติหน้าที่ต้องคํานึงถึงหลักการข้างต้นอย่างเคร่งครัด

ในการปฏิบัติหน้าที่ของส่วนราชการ ต้องใช้วิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดีโดยเฉพาะอย่างยิ่งให้คำนึงถึงความรับผิดชอบของผู้ปฏิบัติงาน

พระราชกฤษฎีกาว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจบ้านเมืองที่ดี พ.ศ. ๒๕๔๖ ได้กำหนด ขอบเขต แบบแผน วิธีปฏิบัติราชการ เพื่อเป็นไปตามหลักการบริหารภาครัฐแนวใหม่ ดังนี้

• เกิดประโยชน์สุขของประชาชน
• เกิดผลสัมฤทธิ์ต่อภารกิจของรัฐ
• มีประสิทธิภาพและเกิดความคุ้มค่าในเชิงภารกิจของรัฐ
• ไม่มีขั้นตอนการปฏิบัติงานเกินความจำเป็น
• มีการปรับปรุงภารกิจของส่วนราชการให้ทันต่อเหตุการณ์
• ประชาชนได้รับการอำนวยความสะดวก และได้รับการตอบสนองความ
• มีการประเมินผลการปฏิบัติงานอย่างสม่ำเสมอ ซึ่งได้แก่ การตรวจสอบและวัดผลการปฏิบัติงาน เพื่อให้เกิดระบบการควบคุมตนเอง

ที่ผ่านมาแม้ว่าจะมีการปรับปรุงการแบ่งส่วนราชการหลายครั้ง แต่ยังคงให้มีการปฏิบัติราชการตามโครงสร้างการบริหารที่ไม่แตกต่างจากรูปแบบเดิมซึ่งเป็นผลให้การทำงานของข้าราชการเป็นไปด้วยความล่าช้าเพราะมีขั้นตอนการปฏิบัติงานค่อนข้างมาก และส่วนราชการต่าง ๆ มิได้กำหนดเป้าหมายร่วมกันและจัดกลไกการปฏิบัติงานให้มีความสัมพันธ์กัน จึงเป็นผลทำให้การปฏิบัติงานเกิดความซ้ำซ้อนและกระทบต่อการให้บริการแก่ประชาชน

แนวทางแก้ไขปัญหาในเรื่องนี้จำเป็นต้องมีการปรับปรุงระบบราชการทั้งระบบ โดยการปรับอำนาจหน้าที่ของส่วนราชการขึ้นใหม่ และปรับปรุงการบริหารงานโดยการจัดส่วนราชการที่ปฏิบัติงานสัมพันธ์กันรวมไว้เป็นกลุ่มงานเดียวกัน ซึ่งจะเป็นพื้นฐานที่สำคัญในการปรับระบบการทำงานในรูปกลุ่มภารกิจ เพื่อให้สามารถกำหนดเป้าหมายและทิศทางการปฏิบัติงานของส่วนราชการที่มีความเกี่ยวข้องกันให้สามารถทำงานร่วมกันได้อย่างมีเอกภาพ และเกิดประสิทธิภาพ รวมทั้งจะเป็นการลดค่าใช้จ่ายในส่วนงานที่ซ้ำซ้อนกัน เมื่อจัดส่วนราชการใหม่ให้สามารถปฏิบัติงานได้แล้วจะมีผลทำให้แนวทางความรับผิดชอบของส่วนราชการต่าง ๆ มีเป้าหมายที่ชัดเจน ซึ่งจะสามารถปรับปรุงการทำงานของข้าราชการให้มีประสิทธิภาพในระยะต่อไปให้มีกระทรวง และส่วนราชการที่มีฐานะเป็นกระทรวง จำนวน ๒๐ กระทรวง ได้แก่

• สำนักนายกรัฐมนตรี
• กระทรวงกลาโหม
• กระทรวงการคลัง
• กระทรวงการต่างประเทศ
• กระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา
• กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์
• กระทรวงเกษตรและสหกรณ์
• กระทรวงคมนาคม
• กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
• กระทรวงเทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสาร
• กระทรวงพลังงาน
• กระทรวงพาณิชย์
• กระทรวงมหาดไทย
• กระทรวงยุติธรรม
• กระทรวงแรงงาน
• กระทรวงวัฒนธรรม
• กระทรวงวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
• กระทรวงศึกษาธิการ
• กระทรวงสาธารณสุข
• กระทรวงอุตสาหกรรม