ในการดำเนินการของ อ.ก.พ. กระทรวงตามมาตรา 97 วรรคสอง หรือมาตรา 103 วรรคสอง หากผู้แทน ก.พ. ซึ่งเป็นกรรมการใน อ.ก.พ. กระทรวงดังกล่าวเห็นว่าการดำเนินการของผู้บังคับบัญชาหรือมติ อ.ก.พ. กระทรวง เป็นการไม่ปฏิบัติตามพระราชบัญญัตินี้หรือปฏิบัติไม่เหมาะสม ให้รายงาน ก.พ. เพื่อพิจารณาดำเนินการตามควรแก่กรณีต่อไป และเมื่อ ก.พ. มีมติเป็นประการใด ให้ผู้บังคับบัญชาสั่งหรือปฏิบัติให้เป็นไปตามที่ ก.พ. มีมติ ทั้งนี้ เว้นแต่ผู้ถูกลงโทษได้อุทธรณ์คำสั่งลงโทษของผู้บังคับบัญชาต่อ ก.พ.ค. ในกรณีเช่นนี้ให้ ก.พ. แจ้งมติต่อ ก.พ.ค.เพื่อประกอบการพิจารณาวินิจฉัยอุทธรณ์