คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติมีหน่วยธุรการของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติที่เป็นอิสระ โดยมีเลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติเป็นผู้บังคับบัญชาขึ้นตรงต่อประธานกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ

การแต่งตั้งเลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ ต้องได้รับความเห็นชอบของคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติและวุฒิสภา

ให้มีสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติเป็นหน่วยงานที่เป็นอิสระในการบริหารงานบุคคล การงบประมาณ และการดำเนินการอื่น ทั้งนี้ ตามที่กฎหมายบัญญัติ