คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินมีหน่วยธุรการของคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินที่เป็นอิสระ โดยมีผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดินเป็นผู้บังคับบัญชาขึ้นตรงต่อประธานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน

ให้มีสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินเป็นหน่วยงานที่เป็นอิสระในการบริหารงานบุคคล การงบประมาณ และการดำเนินการอื่น ทั้งนี้ ตามที่กฎหมายบัญญัติ